Le pôle "Territoires" regroupe les activités de la Fédération qui concernent le fondement de la politique des Parcs : L'élaboration ou la révision de leurs chartes et les méthodes d'évaluation, l'articulation du projet porté par un Parc avec les autres projets territoriaux (intercommunaux, de Pays ou d'Agglomération) et sa prise en compte dans les procédures territoriales de planification ou de contractualisation et la capacité du Parc à faire vivre son projet, que ce soit à travers « la gouvernance » du syndicat mixte et de ses instances consultatives, ou par le développement de pratiques participatives et citoyennes dans le cadre de ses politiques éducatives.

Le pôle Développement Durable coordonne les actions et modes d'intervention des Parcs traduisant la concept de Développement Durable. Ses travaux portent sur la préservation des milieux naturels, la gestion de l'espace, le tourisme, la culture et l'appui aux entreprises.

Le pôle institutionnel assure le suivi de l’activité statutaire de la fédération : nouveaux membres, statuts, règlement intérieur, cotisations... Il coordonne la veille législative et juridique sur les textes concernant la politique des Parcs naturels régionaux et sur les syndicats mixtes. Il suit l’évolution du budget des Parcs et développe des outils de gestion commun des ressources humaines (métiers, statuts, formation).

Le pôle communication assure la mise en place de la charte de communication du réseau des Parcs, accompagne les Parcs dans leurs actions et leurs politiques de communication. Il valorise l'action des Parcs auprès des partenaires et informe le public.

Le pôle international anime et capitalise les démarches engagées par les Parcs et la Fédération auprès de partenaires internationaux et assure la coordination d'actions de coopération, notamment en matière de coopération décentralisée.